Entre 1650 e 1660, a grave crise do sal português que desabasteceu o Brasil, chamou a atenção metropolitana para a cristalização natural do produto na Lagoa de Araruama. Com esse impulso dado a economia, um novo centro urbano era levantado junto a atual Praça Porto Rocha: rasgou-se a rua Direita (hoje Érico Coelho), foram construídos a Igreja de Nossa Senhora da Assunção e o sobrado da Câmara e da Cadeia, que formavam o Largo da Matriz, onde fincou-se o pelourinho.

Em meados de 1660, cristalizaram-se as condições geo-políticas para o retorno de investimentos à cidade de Cabo Frio. Já em 1663, a administração volta a se reunificar na Bahia. José Varella é reconduzido ao cargo de capitão-mor de Cabo Frio e, pela primeira vez, nomeia-se um alcaide-mor para o município. O novo governador do Rio de Janeiro tenta impedir a posse de José Varella; o governador acaba sendo censurado a não se ingerir na jurisdição dos Campos dos Goitacazes, pertencente a Cabo Frio. A seguir, os beneditinos receberam uma sesmaria urbana dando origem ao bairro de São Bento.

O primeiro sinal da mudança para o novo centro urbano iniciou-se em 1663. Os benedintinos, sempre bem informados passaram a procurar avivar os marcos de sesmaria recebida no município de Cabo Frio para a construção de um convento, em 1620, e dentro desta área encontraram um forno para fabrico de cal entre outras benfeitorias. Passado um ano depois, isto em 1664, pedem mais terras para levantar as casas para os frades que vêm povoar o município. É provável que a Igreja de Nossa Senhora da Assunção ainda não estivesse com a sua construção concluída, pois somente pela carta real de fevereiro de 1666 o vigário Bento de Figueiredo veio assumir suas funções.

Como os beneditinos não edificaram as casas para o povoamento conforme comprometeram-se, a Câmara retoma as terras. Em 1667 argumentavam que o município somente naquela época começava a povoar-se e assim pediram uma porção de terras com 18 braças na rua Direita para que fosse levantada a edificação para uso da Câmara.

Trinta anos depois, em 1696, os franciscanos inauguraram o Convento de Nossa Senhora dos Anjos, próximo a Fonte do Itajuru, consolidando o perímetro histórico do novo centro administrativo, religioso e colonial. Já no final do século XVII, o desenvolvimento urbano de Cabo Frio novamente estancou. Basicamente por dois motivos: a aldeia de índios de São Pedro, sob jurisdição dos jesuítas e com população de dois mil habitantes não conseguia mais impedir desembarques de inimigos em Búzios e, por isso, a exploração das salinas naturais, primeira e maior riqueza dos colonizadores, foi terminantemente proibida.

No entanto, essa ordem não foi cumprida levando ao tráfico do produto marinho. A câmara passou então a arrendar as praias do Cabo e em Búzios. Foram construídos dois engenhos para a produção de aguardente em Araruama e erguida, pelos jesuítas, a Fazenda Campos Novos, futuro estabelecimento agropecuário modelo e foco importante de colonização do atual Distrito de Tamoios. Inicialmente, a fazenda foi destinada a criação de gado para o abastecimento de açougues cariocas e de lavras de ouro das Minas Gerais.