A chamada "Guerra de Cabo Frio" aconteceu em 1575, quando o governador do Rio de Janeiro, Antônio Salema, reuniu poderoso exército com gente da região da Baía de Guanabara, São Vicente e Espírito Santo, apoiado por grande tropa tupiniquim catequizada. Os oficiais e soldados seguiram por terra e mar, tendo como objetivo liquidar o último bastião da Confederação dos Tamoios e acabar com o domínio francês que já durava vinte anos em Cabo Frio. O ínicio destes conflitos aconteceu na região onde hoje é conhecida como Tamoios (referência aos índios que povoavam a região) onde hoje fica o 2º Distrito de Cabo Frio.
Após o cerco e a rendição da fortaleza francotamoia, dois franceses, um inglês e o pajé tupinambá foram enforcados, quinhentos guerreiros assassinados a sangue frio e aproximadamente 1500 índios escravizados. As tropas vencedoras ainda entraram pelo sertão, queimavam aldeias, mataram mais de dez mil índios e aprisionaram outros tantos. Os sobreviventes, refugiaram-se na Serra do Mar e Cabo Frio.
A baixada litorânea, de Macaé até Saquarema, devido a carnificina levada a efeito contra os índios, ficou transformada em um verdadeiro deserto humano, e somente movimentada com a passagem esporádica dos Goitacazes que incursionavam por estas terras a procura da caça e pesca. Embora os portugueses não tivessem colonizado Cabo Frio após o massacre de 1575, estabeleceram um bloqueio naval mais ou menos eficiente com base no município do Rio de Janeiro.
Mas, entre 1576 e 1615, com a perda da independência de Portugal para a Espanha o porto de Araruama voltou a ser frequentado por navios franceses, ingleses e holandeses em busca de pau-brasil, tornando-se também a base da pirataria contra embarcações portuguesas que procuravam dobrar o cabo. Depois de 1580, com a submissão de Portugal, a Espanha redobrou a presença destes navios que carregavam as bandeiras inimigas dos castelhanos.