Duas questões relativas aos escravos estremeceram Cabo Frio ao longo do século. A primeira refere-se ao crescimento das fugas, assassinatos de feitores e rebeliões de negros, resultando na formação de quilombos que sobressaltaram os senhores brancos, a despeito da ação dos capitães-do-mato. A segunda diz respeito a proibição do tráfico transatlântico de escravos e o contrabando florescente que dele derivou.

As praias do Peró, em Cabo Frio, de José Gonçalves e da Rasa, em Búzios, tornaram-se pontos de desembarque clandestino deste comércio humano. A marinha inglesa, em flagrante desrespeito às leis brasileiras, promoveu repressão ao tráfico e chegou a apreender navios negreiros na costa e a desembarcar fuzileiros navais em Cabo Frio e Búzios.

Nas décadas finais do século XIX, a barra e antigo porto de Araruama receberam novos melhoramentos do governo imperial, dando passagem a navios maiores e tendo o ancoradouro ampliado, fatores essenciais ao incremento da exportação regional. Alguns assoreamentos críticos do Canal do Itajuru foram dragados e canalizados, por iniciativa particular do engenheiro francês Leger Palmer, permitindo a ampliação da carga e a navegação mais eficiente dos vapores e veleiros que transportavam a grande produção de sal para os armazéns do município.